由几个小岛连成一体的“独脚乐园”，由于污染比较严重，变得乌烟瘴气，环境恶劣。 独脚城的统治者垄断军火商“哼哼”与大矿山主“哈哈”阴柔恶损，表面绅士有礼，实际却狡猾贪婪，无恶不作，信奉金钱至上，凶狠残暴。他们俩掌握着居民生杀大权和城市的经济命脉，通过强权统治着整个城市，并最大限度地压榨穷人，以取得他们的财富。手下的警察头目铁腕总监，管理一支庞大、无孔不入的警察和密探队伍，对哼哼和哈哈忠心耿耿，说一不二。负责管理都市的是面子市长。他曲迎奉和、八面玲珑、外表风光。但穷人们都对他很不满，高官们他又一个都拉拢不了。铁腕总监又老在背后搞小动作，而其它人根本就说不上话，属于一个两头都不讨好的受气人物。 一辈子在炮弹工场辛勤劳作的“桔子爷爷”，终于用收集来的废料制造出真正属于自己的得意作品——两个模样相同的丑娃娃。老爷爷用锤子“叮叮咚咚”敲打一番，结果两兄弟因此而得“叮叮”和“咚咚”。哥哥“叮叮”为人聪慧，精明能干；弟弟“咚咚”幽默顽皮，勇敢正义。 “哼哼”和“哈哈”认为独脚城不能私自制造孪生兄弟，因此对叮叮咚咚发出通缉令，全城顿时陷入恐慌，警察和密探倾巢出动，追捕“叮咚”兄弟。奔逃中，兄弟两人哥哥“叮叮”被抓，弟弟“咚咚”则掉到了下水道里，从此兄弟两人的命运反生了天翻地覆的转变。 咚咚在下水道里遇到了受哼哼哈哈的迫害而隐居起来的学者，看到了他培育出来的不死草，深受启发，并和学者约定将来共建绿色、平等的独脚城。回到贫民区后咚咚结识了许多患难与共的好伙伴，并因此认清了哼哼哈哈的丑恶面貌。他不甘心受到压榨，带领着小伙伴们和强权势力进行抗争，并把统治阶层最后的威慑力：耗费税款、巨资豢养——宠物魔怪猫拆的七零八落。而叮叮则甘心投靠了财大气粗的统治者哼哼哈哈，认作“哼哼”与“哈哈”的干儿子，娇生惯养，培养了很多不好的习惯，变得唯我独尊，不可一世。并且也想方设法地帮着哼哼哈哈欺侮穷人，有些地方更是有过之而无不及。而咚咚念着兄弟的情分，始终想通过感化，把叮叮的观念扭转过来，故事因此展开…… 一个是通缉犯，东藏西躲；一个是皇亲贵胄，只手遮天。一个终日奔忙，朝不保夕；一个养尊处忧，荣华尽享。一个满怀珍爱，栽花种草，精心培育：一个昏头昏脑，物欲膨胀，只会制造垃圾。 “独脚乐园”的出路究竟在哪儿？怎样反抗残暴的统治者？改变生存环境的美好梦想如何才能实现？众人守候期待，翘首以盼。咚咚和叮叮他们的命运叉将会如何呢？ 故事由系列单个独立的主题故事构成，叮叮咚咚的不同命运是埋在系列故事里的一条暗线，穿插始终。